Hace 40.000 años puentes naturales formados por los bajos niveles del mar unieron Japón con el continente asiático y permitieron el desplazamiento de grupos poblaciones. Estos primeros movimientos migratorios dieron lugar al período Paleolítico japonés. Hace aproximadamente 15.000 años nuevas oleadas migratorias llegaron al archipiélago y dieron lugar al surgimiento del período Jomon, marcado por una fusión de las comunidades paleolíticas locales con los recién llegados. La civilización jomon es una de las más antiguas del mundo y su nombre, que significa «impresión de cuerda», proviene del patrón decorativo en su cerámica, creada al presionar cuerdas sobre la arcilla húmeda antes de cocerla. Estas vasijas de cerámica no solo representan logros técnicos, sino que son testimonio del inicio del sedentarismo, ya que la fragilidad y peso de la cerámica son incompatibles con estilos de vida nómadas.

Los jomon eran una sociedad cazadora-recolectora, no obstante, a diferencia de otros grupos de cazadores-recolectores prehistóricos que se desplazaban constantemente en busca de recursos, éstos construían poblados permanentes donde vivían de forma estable, aparentemente sin practicar la agricultura. Este sedentarismo fue posible gracias a la abundante disponibilidad de recursos naturales en su entorno: bosques de árboles caducifolios como el castaño, el nogal y el roble japonés (mizunara), altamente nutritivos, y una gran diversidad de animales, peces y mariscos. En yacimientos cercanos a ríos y costas se han encontrado restos de más de 50 especies de peces, lo que evidencia una dieta variada. Las herramientas de piedra y hueso utilizadas para la caza y la pesca reflejan un alto grado de especialización y adaptabilidad a las condiciones naturales. Además, el uso de la cerámica permitió a los jomon cocinar y almacenar alimentos, lo que facilitó la vida sedentaria.

El período Jomon suele dividirse en tres grandes fases:
· Fase de emergencia del sedentarismo (13.000–5.000 a.C.): Se caracterizó por el surgimiento de los primeros asentamientos estables y la aparición de la cerámica. Se comenzaron a construir viviendas-foso (pit-dwelling), es decir, viviendas con plantas excavadas en tierra, y apareció la práctica de enterrar a los muertos que sentó las bases del culto a los antepasados.
· Fase de desarrollo del sedentarismo (5.000–2.000 a.C.): se observó la introducción de almacenes y vertederos, así como la construcción de asentamientos en colinas cercanas a cursos de agua. Se crearon espacios rituales y ceremoniales y aparecieron los concheros, montículos de conchas y huesos de animales, que tenían funciones tanto rituales como prácticas.
· Fase de madurez del sedentarismo (2.000–400 a.C. – inicio del período Yayoi): los asentamientos se dispersaron, y varias comunidades compartieron sitios rituales y funerarios. Se desarrollaron cementerios rodeados de terraplenes circulares (círculos de piedra), lo que indica una organización social cada vez más compleja y ritualizada. También destaca la presencia de figurillas de arcilla estéticamente atractivas y otros bienes funerarios.

En el norte de Japón es donde más asentamientos jomon se han encontrado, sobre todo alrededor del estrecho de Tsugaru, que une las islas de Honshu y Hokkaido. Hay un total de 17 sitios arqueológicos relacionados con la cultura jomon (ocho en la prefectura de Aomori, seis en Hokkaido, dos en la prefectura de Akita y uno en la prefectura de Iwate), siendo Sannai Maruyama el más grande, importante y conocido. También es el más accesible ya que se encuentra a las afueras de Aomori, cerca de la parada de shinkansen de Shin-Aomori. Nosotros también visitamos dos sitios arqueológicos (Tagoyano y Kamegaoka) y el pequeño Museo Arqueológico Kizukuri Kamegaoka en Tsugaru, no obstante, pese al interés histórico, éstos no están preparados para ser visitados. Los sitios arqueológicos actualmente se encuentran cubiertos de tierra por motivos de conservación y solamente se puede ver el lugar (campo), mientras que la mayoría de los objetos encontrados aquí se exponen en el Museo Nacional de Tokio.

El sitio arqueológico Tagoyano en Tsugaru data de la fase de desarrollo del sedentarismo (4.000-2.000 a.C.) y se compone por viviendas-foso, tumbas, montículos de conchas, almacenes y otros elementos. Entre los objetos encontrados en los concheros destacan objetos hechos de hueso de ballena y delfín, o brazaletes hechos de conchas de berberechos.

El sitio funerario de Kamegaoka (1000-400 a. C.) es un gran cementerio del cual se han extraído numerosos objetos, incluyendo vasijas y cestas de bambú lacadas y numerosas figurillas de arcilla. De estas, destaca una, conocida como “figurilla de ojos saltones” (designada como importante patrimonio cultural), y cuya importancia reside en el hecho que muestra a una persona con gafas como las que llevaban los inuits (habitantes de Groenlandia, norte de Canadá y partes de Rusia). Cabe destacar que, igual que en el caso de Tagoyano, no hay prácticamente nada que se pueda ver, más allá del campo donde se encuentran las tumbas (cubiertas de tierra) y de donde se extrajeron todos estos objetos. En el centro de visitantes hay varias personas mayores que ofrecen un tour gratuito por el campo explicando la importancia del lugar, sin embargo, ninguna de ellas habla inglés. El abuelo que nos hizo de guía solamente disponía de un papel con unas pocas frases en inglés. En cuando a la figurilla de ojos saltones, hay una copia en el museo de Tsugaru, sin embargo, la figurilla original se encuentra en el Museo Nacional de Tokio. Nosotros nos tuvimos que contentar con ver la copia de Tsugaru, ya que la original no estaba en exposición el día que visitamos el museo de Tokio.

En cuanto a Sannai Maruyama, fue habitado desde el año 3900 a.C. (Jomon Temprano) hasta el año 2200 a.C. (Jomon Medio). Su excavación se inició en el año 1992 y se sigue excavando e investigado hoy en día. Se abrió al público en 1995. Tiene una superficie de 36 hectáreas y se han confirmado los restos de más 600 viviendas-foso que datan de diferentes épocas. La mayoría tiene un diámetro de unos 4 metros, por lo que se cree que albergaban a unidades unifamiliares. Lo más probable es que en este asentamiento vivieran unas 500 personas simultáneamente.

Además de las viviendas familiares, se han encontrado vestigios de grandes estructuras comunales de más de 10 metros de longitud, posiblemente usadas como lugares de trabajo conjunto o asambleas. Se han excavado también los restos de una estructura sostenida por seis pilares que se alzan en agujeros enormes de unos 2 metros de diámetro a una profundidad de 2 metros y a intervalos de 4,2 metros. Para proteger la madera de la pudrición, los jomon empleaban técnicas como el quemado de los pilares antes de enterrarlos, lo que ha permitido la conservación de éstos hasta nuestros días. Pese a que las estructuras son reconstruidas, éstas ofrecen una idea de cómo era la vida en el Japón prehistórico.

Otras edificaciones sostenidas por pilares cercanas al cementerio pudieron haber sido usadas con fines rituales o ceremoniales. Los adultos eran enterrados en fosas excavadas en el suelo, mientras que los niños eran depositados en tinajas a las que se les quitaba el fondo. Se han descubierto alrededor de 500 tumbas de adultos y más de 800 de niños.

Además del sitio arqueológico, también se puede visitar el museo que reúne en diferentes salas grandes cantidades de vasijas y herramientas de piedra, así como más de 2.000 figurillas de arcilla, instrumentos rituales, huesos de diversos animales y peces, frutos secos y otros objetos, provenientes tanto de Sannai-Maruyama como de otros sitios arqueológicos jomon. En 2003 los artefactos excavados fueron designados como Bienes Culturales Naciones Importantes de Japón y en 2021 los sitios arqueológicos jomon de Hokkaido y norte de Tohoku se registraron como Patrimonio Cultural de la Humanidad por la Unesco.

Por otro lado, la cultura yayoi se sitúa cronológicamente entre aproximadamente el año 300 a.C. y el 300 d.C, justo después del período Jomon y antes del período Kofun. Los yayoi llegaron al archipiélago japonés desde la península de Corea, se asentaron en el sur de Kyushu y fueron desplazando a la población de cazadores-recolectores jomon ya asentada. Se distinguen por la introducción de la agricultura arrocera en campos inundados, un cambio revolucionario que incluyó el desarrollo de sofisticadas técnicas agrícolas y sistemas de irrigación, y que transformó la economía, la organización social (sociedad matriarcal y matrilineal jerarquizada) y el paisaje del archipiélago japonés. Se comenzaron a construir viviendas rectangulares semienterradas, rodeadas en ocasiones por empalizadas, para proteger a la comunidad. Además, los yayoi fabricaron herramientas y armas de bronce y hierro, lo que evidenció un fuerte avance tecnológico respecto a los jomon. A finales del período Yayoi se observaron los primeros indicios de sintoísmo.

En cuanto a las prácticas funerarias, los entierros yayoi mostraban claras diferencias sociales: se encontraron desde entierros sencillos en fosas hasta tumbas más elaboradas con ajuares funerarios y ofrendas, como cuentas de vidrio y objetos de bronce. También destacaban por la cerámica de forma simple y funcional, diferente a la cerámica decorada jomon, pero perfectamente adaptada a las necesidades cotidianas de una sociedad agrícola.

El principal sitio arqueológico del período Yayoi es el Parque Histórico de Yoshinogari en Kyushu, donde se conservan viviendas, almacenes y cercas. No obstante, en Tohoku también se ha reconstruido un pequeño poblado yayoi a las afueras de Akita. Se trata del sitio arqueológico Jizouden excavado en 1985 y declarado Sitio Histórico Nacional en 1996 debido a su valor histórico. El pueblo yayoi rodeado por empalizadas de madera data de hace aproximadamente 2200 años y está formado por cuatro viviendas, tres situadas dentro de la empalizada y una fuera, construidas al estilo kabe tachi shiki (de tipo muro). Había cinco puertas, una de ellas usada como la entrada principal y otra conducía al cementerio.

Se encontraron 25 tumbas de niños en tinajas de barro y 51 tumbas de adultos, así como ajuares funerarios. Algunos de los objetos encontrados aquí se exponen en el pequeño museo de Jizouden, aunque la mayoría se encuentran en el Museo Nacional de Tokio. Actualmente, el lugar se utiliza con fines divulgativos y se realizan diferentes actividades, sin embargo, todas ellas son en japonés.

Desde un punto de vista físico, los jomon y los yayoi presentaban claras diferencias, tanto en la estatura, siendo los yayoi más altos que los jomon, como en la forma y tamaño del cuerpo y los rasgos faciales. Durante el período Kofun, la mayoría de los esqueletos excavados en Japón correspondían al tipo yayoi, con algunos individuos que presentaban mezcla jomon. Desde un punto de vista genético, toda la población japonesa moderna desciende de los yayoi. La única excepción son los ainus (Hokkaido) y los ryukyuanos (Okinawa) que están emparentados genéticamente entre sí, pese a encontrarse en los dos extremos opuestos del archipiélago japonés, por ser los únicos descendientes de los jomon.
